Jeunes Entreprises Innovantes (JEI) : ce qui change au 1ᵉʳ août 2025

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1. Qu’est-ce qu’une “Jeune Entreprise Innovante” ? 

Le statut de Jeune Entreprise Innovante (JEI) s’adresse aux PME indépendantes de moins de 8 ans, investissant significativement en recherche et développement (R&D).

Pour être éligible, l’entreprise doit notamment :

• Employer moins de 250 salariés et réaliser un CA < 50 M € ou disposer d’un total de bilan < 43 M €

• Être réellement nouvelle (ne pas résulter d’une concentration ou extension d’activité préexistante)

• Être indépendante (capital détenu à ≥ 50 % par des personnes physiques ou structures respectant les mêmes conditions)

• Dépenser au moins 20 % de ses charges fiscalement déductibles en R&D (seuil porté à 20 % depuis le 1ᵉʳ mars 2025, contre 15 % auparavant)

2. Un seuil de R&D relevé à 20 %

Depuis le 1ᵉʳ mars 2025, une entreprise ne peut être qualifiée de JEI au titre d’un exercice donné que si ses dépenses de recherche atteignent au moins 20 % de ses charges fiscalement déductibles (contre 15 % auparavant) au titre de ce même exercice. Le rehaussement du seuil, requis pour le bénéfice des exonérations fiscales, s’applique :

-          à l’impôt sur le revenu dû à compter de 2025 pour les entreprises relevant de l’IR ;

-          à l’impôt sur les sociétés dû au titre des exercices clos à compter du 1er mars 2025 pour les entreprises relevant de l’IS.

S’agissant des impôts locaux (CFE, taxe foncière), le rehaussement s’applique seulement à partir du 1ᵉʳ janvier 2026.

Astuce cabinet : Suivez ce ratio trimestre par trimestre pour éviter un déclassement en fin d’exercice.

3. Comment est déterminé ce ratio ?

Dès le 15 février 2025 :

-          Le forfait des dépenses de personnel a été abaissé de 43 % à 40 % pour la détermination des dépenses de fonctionnement.

-          Plusieurs dépenses secondaires ont été exclues : frais de prise et de défense de brevets et de certificats d’obtention végétale, dotations aux amortissements associées, cotisations ou part des primes et cotisations afférentes à des contrats d’assurance de protection juridique.  

Astuce cabinet : Mettez à jour vos feuilles de temps et nomenclatures analytiques.

4. Exonérations sociales maintenues, mais plafonnées

Contrairement aux pistes discutées fin 2024, l’exonération de cotisations patronales (maladie, vieillesse, allocations familiales) est maintenue jusqu’à sept ans.

Deux garde‑fous ont été précisés pour 2025 :

Salaire individuel 👉 8 108,10 €/mois (≈ 4,5 SMIC) 🚨L’exonération s’arrête au‑delà

Par établissement 👉 235 500 € / an (5 PASS) 🚨Montant d’allègement maximal

5. Exonération d’impôt sur les bénéfices : réservée aux sociétés créées avant 2024

Le dispositif « 100 % la 1ʳᵉ année bénéficiaire / 50 % la suivante » reste réservé aux entreprises immatriculées avant le 31 décembre 2023. Les JEI créées en 2024 ou 2025 conservent toutefois les autres avantages (exonération CFE, charges sociales…).

6. CFE et taxe foncière : dernière ligne droite pour l’exonération facultative

Les communes peuvent exonérées de CFE et de taxe foncière les JEI créées jusqu’au 31 décembre 2025.

Attention : la vérification du seuil R&D (20 %) s’effectuera à partir de 2026, mais la demande (formulaire 1447 C SD) doit être déposée avant le 31 décembre de l’année de création.

7. JEI, JEC, JEI‑R… quel label choisir ?

• JEC (jeune entreprise de croissance) : ratio R&D de 5 % à 20 % + forte hausse d’effectif.

• JEI‑R (jeune entreprise innovante de recherche) : réservé aux sociétés qui investissent > 30 % en R&D.

Chaque statut ouvre le même guichet social, mais avec un avantage fiscal variable.

Astuce cabinet : Révisez vos projections avant de formuler votre option auprès de l’administration.

8. Nos conseils opérationnels

1. Suivi analytique précis des dépenses R&D : Mettre en place un suivi mensuel/trimestriel des charges de R&D, tenir une comptabilité analytique dédiée pour identifier clairement les dépenses éligibles et mettre à jour régulièrement les nomenclatures de temps des équipes de R&D.

2. Anticiper le seuil de 20% : Calculer et suivre en continu le ratio R&D/charges déductibles et ajuster vos investissements R&D en cours d’exercice pour éviter un déclassement

3. Actualiser vos fiches de paie R&D : paramétrer le logiciel de paie avec le plafond mensuel de 8 108,10 € (≈ 4,5 SMIC) et suivre l’enveloppe annuelle plafonnée à 235 500 € par établissement pour éviter un trop‑perçu.

4. Anticiper le calendrier fiscal : Si l’entreprise a été créée après le 31 décembre 2023, prévoir l’absence d’abattement IS/IR et ajuster les forecasts de trésorerie en conséquence.

5. Communiquer auprès de vos partenaires financiers : Mettre en avant le maintien des exonérations sociales et fiscales pour rassurer vos partenaires financiers. 

6. Consulter le cabinet : un pré‑diagnostic JEI (3 heures d’audit) permettra d’identifier les risques de déclassement en amont, d’ajuster la stratégie et d’éviter les redressements coûteux.

7. Formaliser un dossier JEI annuel : documenter dans un dossier vos projets R&D, avec descriptifs techniques et financiers, prêt à être présenté en cas de contrôle fiscal ou URSSAF.